Fasilitas pendidikan di Desa Mandisari Kecamatan Parakan tergolong lengkap. Selain terdapat SD Negeri, MI Maarif, SD Islam Terpadu, juga terdapat TK Tholabuddin (milik desa), TK Masyitoh dan TK Islam Terpadu serta 2 tempat Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD) yaitu PAUD Masyitoh di Dusun Krajan dan PAUD Fatkhul Qulub di Dusun Bendorejo.
MTs Negeri 1 Temanggung juga bertempat di desa ini, tepatya di Wilayah RW 005 Dusun Mekarsari. Sedangkan SMA Negeri 1 Parakan yang merupakan salah satu SMA Favourite di Kabupaten Temanggung megah berdiri di pinggir jalan raya berhadapan dengan Gunung Larangan (Bong Manden) yang menjadi ruang terbuka di wilayah ini.
